拥有特殊体质的少女羽鸟智世，被魔法使艾利亚斯买下，成为他的弟子兼新娘，共同探索魔法世界。
高中生侦探工藤新一被黑衣组织灌下毒药变小，化名柯南，一边追查组织，一边解决无数棘手案件。
为了向夺取自己48个器官的魔神复仇，百鬼丸与多罗罗一起踏上斩杀魔神的旅途。